David,
Estes erros que estão aparecendo no console se devem ao fato de você ter plugins no diretório vendor/plugins. A partir do Rails 3 é recomendado que ao invés de plugins, você utilize apenas gems e no Rails 4 os plugins morreram de vez.
Tenta achar uma gem que tenha a mesma funcionalidade que os plugins que você utiliza atualmente e assim você conseguirá migrar sua aplicação. Caso você não encontre uma gem compatível, você ainda pode colocar seus plugins dentro do diretório lib e criar um arquivo de inicialização para o Rails carregá-lo juntamente com a aplicação.
Lembre que estas mensagens são só avisos, não vai impactar no uso da sua aplicação enquanto você não efetuar a atualização para o Rails 4.